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Bio-Rad Bio-Plex Software® Upgrades and Conversions User Manual

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Bio-Plex Manager Software 6.1 User Guide

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Chapter 6. Preparing Protocols . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53

Protocol Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53

Creating/Opening Protocol Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
Saving Protocols . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
Reducing the File Size of Protocols . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54

Multi-Assay Protocols . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56

Uses for Multi-Assay Protocols . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56
Creating a Multi-Assay Protocol. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
Changing a Protocol from Single to Multi-Assay . . . . . . . . . . . . . . . . . 57

Protocol Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58

Step 1. Describe Protocol . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59
Step 2. Select Analytes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59
Step 3. Format Plate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68
Plate Groupings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75
Step 4. Enter Standards Info . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78
Standard Lots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79
Step 5. Enter Controls Info (Optional) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96
Step 6. Enter Sample Info (Optional) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98

Chapter 7. Running Protocols . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99

Run Protocol Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100
Bead Count . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101
Sample Timeout . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101
Reservoir Functions. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102

Skip Functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103

Standard Curve Optimization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104
Advanced Run Settings. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104

Bead Map Selection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104
Sample Size . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105
Save Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105
Sampling Errors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105
Doublet Discriminator Gates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107

Plate Loading Guidelines. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107
Running the Protocol. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108

Status Bar. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110

Manually Stopping a Reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110
Generating Results from a Protocol . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110
Histogram and Bead Map . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111

Histogram . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 112
Bead Map . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115

BioPlex_6.book Page v Friday, September 23, 2011 11:55 AM