HP XC System 2.x Software - Manual (Page 9)

7-2 Using the External Scheduler to Submit a Job to Run on Specific Nodes . . . . . . . 7-12
7-3 Using the External Scheduler to Submit a Job to Run One Task per Node . . . . . . 7-12
7-4 Using the External Scheduler to Submit a Job That Excludes One or More
Nodes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7-12
7-5 Submitting an Interactive Serial Job . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-13
7-6 Submitting an HP-MPI Job . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-14
7-7 Submitting an HP-MPI Job with a Specific Topology Request . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-14
7-8 Submitting a Batch Job Script . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-15
7-9 Submitting a Batch Script with a Specific Topologic Request . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-15
7-10 Submitting a Batch Job Script that uses a Subset of the Allocation . . . . . . . . . . . . . . 7-15
7-11 Submitting a Batch job Script That Uses the srun --overcommit Option . 7-16
7-12 Useful Environment Variables Available in a Batch Job Script . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-16
7-13 Using the bjobs Command (Short Output) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-18
7-14 Using the bjobs Command (Long Output) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-19
7-15 Using the bhist Command (Short Output) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-19
7-16 Using the bhist Command (Long Output) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-20
7-17 View Your Environment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-21
7-18 View Your Allocation in SLURM . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-21
7-19 View Your Running Job in LSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-21
7-20 View Job Details in LSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-21
7-21 Running Jobs from an xterm Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-22
7-22 Submitting an Interactive Shell Program . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-22
7-23 Submitting an Interactive Shell Program on the LSF Execution Host . . . . . . . . . . . 7-23
8-1 Performing System Interconnect Selection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8-6
8-2 Using TCP/IP over Gigabit Ethernet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8-6
8-3 Using TCP/IP over Elan4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8-6
8-4 Allocating and Attaching Processors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8-6
8-5 Allocating 12 Processors on 6 Nodes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8-7
Figures
4-1 TotalView Root Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-4
4-2 TotalView Preferences Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-5
4-3 TotalView Process Window Example . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-9
4-4 Unattached Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-10
4-5 Attached Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-11
7-1 How LSF-HPC and SLURM Launch and Manage a Job . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-5
Tables
2-1 Supplied Modulefiles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-3
3-1 Intel Compiler Commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-2
3-2 PGI Compiler Commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-2
6-1 SLURM Commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-1
7-1 Output Provided by the bhist Command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-19
7-2 LSF Equivalents of SLURM srun Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-23
8-1 Organization of the /opt/hpmpi Directory . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8-2
8-2 HP-MPI Manpage Categories . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8-13
Contents ix