HP XC System 2.x Software - Manual (Page 8)

9.3.1 Platform Support . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9-4
9.3.2 Library Support . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9-4
9.3.3 MPI Parallelism . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9-5
9.3.4 Modulefiles and MLIB . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9-5
9.3.5 Compiling and Linking . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9-5
9.3.5.1 Linking VECLIB . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9-5
9.3.5.2 Linking LAPACK . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9-5
9.3.5.3 Linking ScaLAPACK . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9-5
9.3.5.4 Linking SuperLU_DIST . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9-6
9.3.6 Licensing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9-6
9.3.7 MLIB Manpages . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9-6
10 Advanced Topics
10.1 Enabling Remote Execution with OpenSSH . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10-1
10.2 Running an X Terminal Session from a Remote Node . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10-1
A Examples
A.1 Building and Running a Serial Application . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-1
A.2 Launching a Serial Interactive Shell Through LSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-1
A.3 Running LSF Jobs with a SLURM Allocation Request . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-2
A.3.1 Example 1. Two Processors on Any Two Nodes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-2
A.3.2 Example 2. Four Processors on Two Specific Nodes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-3
A.4 Launching a Parallel Interactive Shell Through LSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-3
A.5 Submitting a Simple Job Script with LSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-5
A.6 Submitting an Interactive Job with LSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-6
A.7 Submitting an HP-MPI Job with LSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-7
A.8 Using a Resource Requirements String in an LSF Command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-9
Glossary
Index
Examples
2-1 Submitting a Serial Job . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-8
2-2 Submitting a Non-MPI Parallel Job . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-9
2-3 Submitting a Non-MPI Parallel Job to Run One Task per Node . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-10
2-4 Running an MPI Job with LSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-10
2-5 Running an MPI Job with LSF Using the External Scheduler Option . . . . . . . . . . . 2-10
2-6 Submitting a Job Script . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-11
3-1 Directory Structure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-10
3-2 Recommended Directory Structure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-10
6-1 Simple Launch of a Serial Program . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-2
6-2 Displaying Queued Jobs by Their JobIDs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-12
6-3 Reporting on Failed Jobs in the Queue . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-13
6-4 Killing a Job by Its JobID . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-13
6-5 Cancelling All Pending Jobs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-13
6-6 Sending a Signal to a Job . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-13
6-7 Using the sinfo Command (No Options) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-13
6-8 Reporting Reasons for Downed, Drained, and Draining Nodes . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-14
7-1 Comparison of Queues and the Configuration of the Job Starter Script . . . . . . . . . . 7-4
viii Contents