Hoefer HB1000 - Manual (Page 23)

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2. Longueur de la sonde
L’objectif est d’accroître l’efficacité tout en minimisant
l’hybridation de fond. Plus la sonde, le plus efficace-
ment, il se lie cible. Le plus petit de la sonde, cepen-
dant, un nombre toujours plus grand de molécules
sondes est présent par quantité unitaire (ng). Dans la
plupart des cas, les sondes vont de 20-1000 bps.
3. Concentration en sel et de la température
Hybridation d’acide nucléique nécessite à la fois un
sel (cations monovalents tels que Na
+ ), pour contrer
les effets de charge du squelette phosphate, et de la
chaleur, pour fournir de non-dénaturation de l’énergie
cinétique qui entraîne l’étape de nucléation lente.
Parce que les effets de chaque variable influence sur
l’autre, sachant la thermostabilité de l’hybride sonde-
cible est utile. Le taux d’hybridation varie directement
avec la concentration en ions sodium entre 0,03 et
1,2 M. La plupart des protocoles appellent à un envi-
ronnement entre 0,5 et 1,1 M Na
+ .
Situation Réponse
G+C = 45 – 55% Suivre le protocole normal.
G+C < 45% Inférieur sel et de la temp.
G+C > 55% Soulever le sel et la temp.
Preuve non-concordance Inférieur sel et de la temp.
cible de la sonde.
Cible et la sonde sont
S’hybrident dans une
dégradés dans un solution tampon à
environnement aqueux. base de formamide.
Inacceptable bruit de Utilisez moins de la sonde.
fond élevé.
S’hybrider à moindre sel/
température plus élevée.
Laver avec du sel plus
faible/température plus
élevée.
Incuber avec du sel très
faible, le changement
nucléase (solution).
Utilisez une petite sonde
ou une sonde différente.
Nettoyer la sonde de conta-
minants avant l’utilisation.